La bandera de la cruz de Borbogoña es de origen frances.

Las aspa de Borgoña fue el distintivo de la facción borgoñona en la Francia de la guerra de los Cien Años a partir del duque Juan "Sin Miedo" de Borgoña (duque entre 1404 y 1419), ya que San Andrés es el patrón de Borgoña.

Fue el rey Felipe I el Hermoso quien, en 1506, tras contraer matrimonio con la reina Juana I de Castilla, introdujo en España el signo distintivo de la casa de su madre, María de Borgoña.

Como símbolo vexilológico, ha sido el más utilizado hasta 1785 en las banderas españolas.

En tierra, esta bandera, blanca con la cruz de Borgoña en rojo, ondeó quizá por primera vez como insignia española en la batalla de Pavía en 1525 (aunque las aspas rojas eran lisas, sin nudos, y el ejército de Carlos I era más bien hispano-germano), y es la más característica de las utilizadas por los tercios españoles y regimientos de infantería del Imperio español durante los siglos XVI, XVII, XVIII y comienzos del XIX.

Desde Carlos I, cada compañía tiene su propia bandera, en la que la cruz figuraba sobre fondos de muy diversa forma y colorido (en los que a veces se incluían jeroglíficos o motivos heráldicos del oficial al mando). Al acceder al trono Felipe II, ordenó que, además de las banderas de cada compañía, cada tercio llevase otra en cabeza de color amarillo con las aspas de Borgoña en rojo.

Posteriormente a 1785, la versión de aspa roja sobre fondo blanco sería también la bandera que se cogerán y adoptada  el carlismo tras constituirse en el siglo XIX. En la guerra carlista de 1833-1840, la borgoñona aún seguía siendo la bandera del Ejército, o sea, de las fuerzas regulares liberales (el Ejército no adoptó la rojigualda hasta 1843), no siendo empleada por las tropas del bando carlista. Después de la citada unificación de banderas en 1843, surgió un estandarte militar híbrido con una pequeña aspa borgoñona en la franja amarilla central de la rojigualda, normalmente debajo de un escudo redondo con los cuarteles de Castilla y León. Hacia 1923 dichas aspas borgoñonas de las rojigualdas del Ejército empezaron a ganar en tamaño, superponiéndose a las franjas rojas superior e inferior (lo cual obligó a recurrir a diferentes matices de rojo).